1983年2月，江苏省人民政府批准建立江苏省盐城地区省级沿海滩涂珍禽自然保护区。
1984年10月，成立正处级建制科研事业单位的保护区管理处。
1992年10月，经国务院批准晋升为国家级自然保护区，更名为“江苏盐城国家级珍禽自然保护区”。
1992年11月，被联合国教科文组织人与生物圈委员会协调理事会批准为生物圈保护区，并纳入“世界生物圈保护区网络”。
1996年4月，成为“东北亚鹤类保护网络”成员。
1999年11月，成为“东亚——澳大利亚涉禽迁徙网络”成员。
2002年1月，被列入“拉姆萨尔国际重要湿地”名录。
2007年2月，经国务院批准，保护区范围有所调整，并更名为江苏盐城湿地珍禽国家级自然那保护区
保护对象
保护区主要保护丹顶鹤等珍稀野生动物及其赖以生存的滩涂湿地生态系统。
[5] 保护资源
截至2012年，保护区有植物450种，鸟类有402种，两栖爬行类26种，鱼类284种，哺乳类31种。其中国家重点保护的一级野生动物有丹顶鹤、白头鹤、白鹤、东方白鹳、黑鹳、中华秋沙鸭、遗鸥、大鸨、白肩雕、金雕、白尾海雕、麋鹿、中华鲟、白鲟共14种，二级国家重点保护野生动物有85种，如獐、黑脸琵鹭、大天鹅、小青脚鹬、鸳鸯、灰鹤等。
科研价值
保护价值
盐城保护区已成为重要的物种贮存库。盐城沿海地区属于生态脆弱区，但通过多年来的努力保护，盐城保护区已成为沿海生物富集地区，有效保护了2600多种生物资源，占中国海岸带生物物种总数的1/10。
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